"Я не представляю себя в отставке, - сказал Балуевский. - Было бы глупо уходить, не увидев реальных плодов того, что мы хотели бы иметь для России".
Сообщения о возможной отставке Юрия Балуевского появились в СМИ во второй половине марта 2008 года. Ряд изданий, ссылаясь на источники в Минобороны России, сообщали, что руководитель Генштаба намерен покинуть свой пост из-за ряда разногласий с министром обороны Анатолием Сердюковым. В качестве косвенных доказательств того, что Балуевский вскоре покинет свой пост, называлось отсутствие начальника Генштаба в составе российской делегации на двусторонних переговорах с США по вопросу о развертывании ПРО. Выяснилось, что Балуевский во время переговоров был в отпуске.
Официальные представители Минобороны опровергали слухи об отставке Балуевского, однако сам руководитель Генштаба прокомментировал сведения о возможном уходе с занимаемой должности впервые.